Der Bahnhof Bad Güntersbrunn ist der größte Bahnhof der Anlage mit zwei Abzweigungen. Die Hauptstrecke von Unterwendeln (vom unteren Raum über die 100 m lange Wendel) führt aus einem Tunnel in den westlichen Bahnhofbereich, hier kommt auch die Strecke von Franz-Josefstal über eine leichte Steigung dazu. Diese Einfahrt mit vier Gleisen ist genau am Übergang der beiden Ausstellungsräume. Beide Einfahrten sind durch Einfahrsignale gesichert.
Auf der Ostseite ist die Ausfahrt zum Bahnhof Wendeln und als Abzweigung die eingleisige Strecke nach Bärenstein über Ernwald.
Das Abfertigungsgebäude ist dem Bahnhof Salzburg nachempfunden, auch die Postanlage mit Postgleisen ist vorhanden. Im Fahrplan wird auch ein Postzug geführt. Der Bahnhof verfügt über 6 Reisezuggleise mit Bahnsteigen, Bahnsteigdächern und Personenunterführungen.
Die Gütergleise liegen parallel zu den Reisezuggleisen, an der Ostseite des Bahnhofes befindet sich die Zugförderung mit Langlokschuppen und Drehscheibe.
Das im Bahnhof Ernwald verwendete Originalstellwerk Siemens 42733 hat uns bewogen, auch für Bad Güntersbrunn einen dem Original entsprechenden Stellwerkstisch zu bauen. Wir haben uns für das System Sp-Dr-S 60 entschieden, ein mechanischer Aufbau wäre zu aufwändig, daher haben wir eine Graphik für Touch-Monitore entwickelt, die dem Original sehr ähnlich sieht. Der Stelltisch ist auf drei Monitoren dargestellt: