Franz Josefstal ist ein markanter Durchgangsbahnhof mit einem Abfertigungsgebäude in Mittellage. Gebäude und Gleisplan ist an das Vorbild Bischofshofen angelehnt.
Reisezuggleise sind links und rechts des Gebäudes angeordnet, Stumpfgleise an der Ostseite. Die Gütergleise sind davor, die Zugförderung mit Reparaturgleisen und einer Drehscheibe sind an der Ostseite angeordnet. An der Westseite hat eine Spedition ein Anschlussgleis.
Der Bahnhof ist mit Formsignalen ausgerüstet, die Blocksteuerung ist mit den Nachbarbahnhöfen Bad Güntersbrunn und Wendeln verbunden.
Auf dem Fahrpult können die Fahrstraßen, Weichen und Signale gestellt werden, die logischen Verknüpfungen werden von einem Rechner durchgeführt.